低费率POS机不能刷信用卡的原因主要有以下几点：

一、银行利润受损

1. 费率过低导致银行无利可图：信用卡交易中的费率是银行的重要收入来源之一。当POS机的费率过低时，银行从每笔交易中获得的收益会大幅减少，甚至可能出现亏损。特别是当费率低于银行成本时，银行会面临更大的压力。
2. 影响银行风控体系：低费率POS机往往与跳码行为相关联。跳码是指支付公司通过技术手段将原本应该按照标准费率结算的交易，变更为按照优惠费率或减免费率结算。这种行为不仅损害了银行的利益，还可能触发银行的风控机制，导致信用卡被降额或封卡。

二、持卡人权益受损

1. 积分获取受影响：使用低费率POS机进行交易时，由于费率较低，持卡人往往无法获得信用卡积分。信用卡积分是持卡人享受银行优惠和回馈的重要方式之一，因此低费率POS机会对持卡人的权益造成损害。
2. 增加风控风险：低费率POS机跳码行为可能导致持卡人出现异地消费、交易金额与实际不符等异常情况。这些异常交易行为会触发银行的风控机制，导致持卡人进入风控名单，进而可能影响信用卡的额度调整和正常使用。

三、支付公司和代理商的违规行为

1. 市场竞争导致的价格战：为了抢占市场份额，一些支付公司和代理商会推出低费率POS机来吸引客户。然而，这种价格战往往是以牺牲服务质量为代价的，甚至可能涉及违规操作。
2. 跳码行为的普遍性：跳码是支付公司通过技术手段实现低费率的一种常见方式。然而，这种行为不仅损害了银行和持卡人的利益，还可能导致支付公司和代理商面临法律风险和声誉损失。

综上所述，低费率POS机不能刷信用卡的原因主要包括银行利润受损、持卡人权益受损以及支付公司和代理商的违规行为。因此，建议持卡人谨慎选择POS机，避免使用低费率POS机进行交易，以保障自己的权益和资金安全。